コナンと歩美、元太、光彦、哀はサッカー試合を観戦する。コナンはビッグ大阪FWの真田が左足ばかりシュートを打つ事を不思議に思う。真田は小4年の幸に向かって右手を立てる。幸の隣りにいる深沢は2人の様子を見て表情が強張る。コナンはこの3人に何かあったと察し、それが真田のプレーに影響していると考えるが…。コナンたちは大尉に会いに行き、寝室で頭から血を流して倒れている会社社長の益子を発見。部屋は密室状態だった。佐藤刑事、高木刑事は現場の状況から事故と判断。この後、スナックママの露口、元社員の麻生、小説家の漆屋が部屋を訪ねていた事が判明。コナンは3人の話を聞いて犯人を見抜くと、密室トリックも見破って…。古いWebブラウザをお使いのため、このサイトを正常に表示することができません。実夏、初村、小暮は凶器や毒物を所持しておらず、目暮たちは凶器や毒物を見つけるため、店内をもう一度調べ直す事に。コナンはふと天井を見上げて何かに気付く。そして小五郎の靴底にはガムのような事件の証拠品が付いていた。コナンはこの証拠品を足がかかりに犯人が薄田を殺害したトリックを見破って…。次郎吉のもとにキッドから宝石グリーン・エンペラーを奪うという予告状が届く。次郎吉は400戦無敗の空手の達人、京極に警備を任せる事に。予告日、博物館の展示室では京極が首からグリーン・エンペラーをかけて1人で警護。キッドからは京極宛てに手紙が届き、コナンはこの手紙の意図するものを考えるが…。道子は自分の妹と丹波が結婚の約束をしていた事を打ち明ける。だが、丹波の親が結婚を反対し、道子の妹は海に身を投げて入水自殺。すなみは道子の妹と同級生で親友だったという。コナンはゴミ箱からある物が発見されると、トイレの中を調べる。そして焦げた天井を見たコナンは丹波殺害の巧妙なトリックと犯人を見破って…。高木はコンビニに聞き込みに行き、半年前の交通事故の時、現場から安富が走り去っていた事が明らかに。事故を起こした運転手は一命を取り留め、轢かれて他界したのが敏成の姉の美伽だった。コナンは敏成が犯人と改めて確信。コナンは則也の足のつねったような跡を突破口に敏成のアリバイトリックを見破って…。コナン、蘭、園子はホテル暮しをしている世良の部屋を見せてもらう事に。世良の部屋がある30階の廊下では編集者A、B、Cがホテルに缶詰めの小説家、火浦京伍の原稿を待っていた。この後、火浦の部屋の真下に部屋をとっていた助手の水無月千秋が殺害される事件が発生。火浦のアリバイは完璧だったが、コナンと世良は…。キッドの犯行予告時間に消えた宝石、赤面の人魚。コナンはカーペットが捲れ上がる直前に携帯の画面が真っ暗になったと蘭から聞いて何かに気付く。ある人物に変装して現場に残っているキッドは１つ大きな勘違いをしていた。コナンは事件の全貌を暴くため、小五郎に向けて麻酔銃を発射するが…。コナンは写真を足掛かりに事件の真相に近づく。世良は自分と一緒にいた留海に犯行は不可能と訴えるが、蘭が見つけた遺体が和香じゃなかったら話は別と付け加える。世良は留海が和香の遺体に成りすましていたと仮定し、留海がどうやって和香を殺害したのか、そのトリックを暴いていくが…。その推理を聞いたコナンは…。海に来たコナン、元太、光彦、歩美、哀は滝口幸太郎、奈央夫妻と知り合い、停泊するクルーザーで食事をご馳走になる。幸太郎は自宅のプールで特訓して泳げるようになったという。幸太郎は海辺にいるコナンたちに手を振った後、海面へと飛び込むが溺れて他界。コナンは本当に幸太郎が泳げるようになったのか疑問を抱いて…。水無月千秋がホテルで絞殺される。水無月のトランクからは消印が20年前のハガキが見つかる。差出人は火浦で、宛先は水無月ではなく、大田純という名前だった。それは火浦が連載する小説「電話と海と私」のヒロインの名前だった。この後、コナンと世良は高木の何気ない一言から火浦のアリバイトリックを見破って…。薄谷の遺体が見つかり、長野県警の上原刑事は蘭たちが風呂場の湯気に気付いた後、風呂に入るまでの犯行と推理する。任田は薄谷を殺害したのは赤女しかいないと訴えるが…。捜査が進む中、コナンと世良はトマトと塩を使った実験をして犯人の見当をつける。この後、この世にいるはずのない赤女が貸し別荘に現れて…。コナンたちは浅川信平と一緒にいる時に信平の祖母、香奈恵と知り合う。香奈恵は犬と散歩していた。数日後、コナンたちは香奈恵の自宅を訪ね、殺害された香奈恵を発見する。香奈恵に借金していた信平が容疑者として浮上。現場の不審な点に気付いたコナンは香奈恵と犬の散歩コースで聞き込みを行い、事件の真相へと近づく…。金沢21世紀美術館に到着後、コナンは秋山のカバンから落ちた4枚の暗号カードを確認。そして、コナンは秋山が新たに別の暗号を書き直した理由を推理する。コナンは秋山がカードに込めた本当のメッセージを読み取る。この後、コナンは秋山を襲った犯人を追い詰めるため、“逆ドッキリ”を仕掛けるが…。コナンたちは倉庫前の防犯カメラの映像を確認する。前日の夜に倉庫にやってきたのはプロデューサーの樽岡、ADの降谷、フードコーディネーターの春日の３人。目暮警部は容疑者をこの３人に絞り込む。この後、コナンと世良は小五郎の何気ない会話をヒントに鍵を開けたトリックを見破り、誰が犯人なのかにも気付いて…。コナンと少年探偵団、阿笠博士は花見客で賑わう神社にやってくる。神社にはジョディも花見に来ていた。コナンたちはひょんな事から坂巻重守、弁崎桐平、段野頼子と知り合う。弁崎は２、３日前に赤井を見かけたという。この後、コナンの携帯に阿笠から電話がかかってくる。阿笠は殺人事件を目撃したとコナンに助けを求める。永信と桜子が出掛けた後、マンションに顔を隠した不審者が現れた事が判明。この後、遺書の筆跡鑑定の結果が出る。遺書を書いたのは間違いなく知代子本人だった。目暮は自殺したと判断。コナンは自殺ではなく、知代子は殺害されたと反論。この事件を解決する上で重要なのは乱れた字で書かれた遺書だった…。世良はコナン、蘭、園子を連れて依頼人がいる貸し別荘へ。別荘には高校時代のアウトドア部の仲間が集まっていた。15年前、近くの別荘で妻が夫を刺殺する事件が発生。返り血を浴び、赤女と呼ばれる妻は今も逃走中だった。依頼は赤女にまつわるイタズラの犯人捜し。だがコナンと世良が森を調べている間に事件が起きて…。コナンたちは「どちらのスイーツでSHOW」の収録の観覧に行く。お題のフルーツでスイーツを作って対決する内容。フルーツは宝箱に詰められ、収録まで秘密にされていた。審査員の武木は誰かがチャンピオンの栗村にお題を事前に教えていると疑う。司会の剣崎が宝箱の鍵を開けると、武木の遺体が埋まっていた…。探偵好きの英介の自宅に招待された小五郎、コナン、蘭。英介は小五郎の銅像を作る程、小五郎がお気に入りだった。怪盗Kに扮した英介は私を捕まえてみろと小五郎を挑発、鬼ごっこが始まる。そして、鬼ごっこ中に英介が息絶えた状態で発見され、目暮は事故死と判断。だが、コナンは事故に見せかけて殺害されたと疑って…。探偵事務所に上南大学推理研究会OGの香織がやってくる。この日、同じ研究会のOB、OGの結婚を祝うパーティーが開かれるが、招待状に書かれた案内図の判じ絵が解けずに会場がわからないという。コナンは香織の不可解な１つの行動が気になっていた。そしてコナンは香織が何のために結婚パーティーに行くかに気付いて…。大学生の留海から彼氏の摂津の浮気調査を依頼された世良。留海は摂津が元カノの和香と切れていないと疑っていた。蘭は世良に潜入捜査を頼まれ、留海たちとランチを食べる事に。だが、和香は集合場所に現れず、和香の部屋へ様子を見に行く。そして蘭はバスルームで倒れた和香を発見。和香は何者かに殺害されていた…。コナンは阿笠博士らとフィギュアフェスティバルにやってくる。そこに天才モデラー北島と恋人の麗香が現れる。隣ではモデラーの森下が展示をしていた。この後、会場控室で絶命した北島が発見される。控室にいたモデラー雑誌記者の広戸は取材に来たら絶命していたと証言。麗香、森下、広戸が容疑者に浮上するが…。博物館にキッドから大量の炙り出しの手紙が届き、コナンは目的を推理する。京極は展示室から皆を退去させ、入った者は敵と見なして制圧すると忠告。廊下に出たコナンは手紙を調べて何かに気付く。予告時間に館内の電気が消える。廊下には麻酔ガスが充満。機動隊員たちは次々に倒れ、コナンは防毒マスクに手を伸ばすが…。コナン、小五郎、蘭は公園で絶命した広瀬ナナを発見。地面に「ナ」というダイイングメッセージが残されていた。ナナと会う約束をしていた婚約者の左門治は事件前にナナから元恋人の右田利彦と会うというメールが届いたと証言。ナナのメッセージは漢字の「右」か「左」を書く途中だった可能性が高く、右田と左門が容疑者に。小五郎はバーテンダーの柚嬉から仕事中にポンという音がして、その直後に柚子の香りが漂うという奇妙な謎を解いて欲しいと依頼される。そして客の薄田が首を刺され窒息死する事件が発生。疑惑の目は会社の部下の実夏、初村、小暮に向けられる。コナンは3人が薄田の誕生日プレゼントとして持ってきた所持品に注目して…。蘭は空手部の先輩、弥生が住んでいるシェアハウスに遊びに行く。弥生は靖子、鈴木、克子とハウスをシェアしていた。この後、小五郎とコナンが蘭を迎えに来た時に2階の自分の部屋で首から血を流して絶命した克子が発見される。目暮警部は第一発見者で、克子を恨んでいる鈴木を犯人と疑うが、コナンは…。コナンは都合が良すぎるアリバイに違和感を抱き、ドドンパへの疑いを強める。そんな折、警視庁に犯人を名乗る女性らしき人物から電話がかかってくる。コナンはコンビニ店長、絵描きの泉から話を聞き、巧妙なアリバイトリックを見破る。コナンは関係者を集め小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。コナン、蘭、園子は畠山財閥当主の畠山優と伊藤美帆の結婚式に出席する。美帆の弟、伊藤善文は幸せそうな美帆を見て感極まっていた。疲れた美帆が先に宿泊するコテージに戻った後、別荘の駐車場で胸を撃たれて息絶えた優が発見される。その時、川の向こう側からも銃声が…。そこでは美帆も胸を撃たれて絶命していた。コナン、小五郎、蘭、園子、世良が軽井沢のボウリング場で京極真と合流した直後、数学教師の道子が現れる。道子は連れの体育教師、丹波が酔って絡んだ事を京極に謝罪する。この後、駐車場の簡易トイレで丹波の遺体が発見される。山村警部は丹波に絡まれ、アリバイもない京極を犯人と決め付けて手錠をかけるが…。コナンたちは隣のクラスの則也と知り合い、則也が泊まっている大学院生、敏成のアパートへ遊びに行く事に。アパート到着後、駐車場から戻ってきた敏成の叫び声が廊下から聞こえてくる。駆け付けると、隣の4号室ではフリーターの安富が胸と腹を刺されて事切れていた。コナンは3、4号室の状況から敏成を犯人と疑うが…。小五郎、コナン、蘭は往年の大女優、白川美鈴の屋敷に招かれる。買い物から戻ったメイドの中西優香は家の前で事故を起こし、美鈴は優香に激怒する。この後、コナンは２階が火事になっている事に気付く。コナンたちは助けに向かうが美鈴は煙によって窒息死していた。皆は事故と考えるが、コナンは殺人事件と疑って…。交通課の苗子の携帯に桜子から家政婦をしている家で人が死んでいると連絡が入る。コナンたちは伊丹永信の自宅へ。寝室で妻が首を吊って絶命、遺書が置かれていた。伊丹は妻と喧嘩した後、外出。帰宅後に遺体を発見したという。交通課の由美は自殺と考えるが、不審点に気付くコナン。そして現場の隣人は由美の元カレだった。宝石、赤面の人魚を奪うと怪盗キッドから犯行予告が届く。博物館の展示室には大きな水槽があり、赤面の人魚は水槽の中を泳ぐ亀の背中に貼り付けられていた。予告時間になると、突然、床のカーペットがテグス（糸）で捲り上がって水槽をすっかり覆い隠す。テグスが切れてカーペットが落下。水槽から亀と宝石は消えていた。町おこしイベントに協力するため、金沢にやってきた小五郎、コナン、蘭。コナンたちは観光連盟の谷本、宮澤、イベント会社の田所、倉西、秋山と共にツアー本番さながらに暗号を解きながらチェックポイントの観光地を巡るが…。そしてツアーが終盤に差し掛かった時、秋山が何者かに襲われる事件が起きてしまう…。美月が女性を襲ってバッグを奪う連続強盗犯フード男に襲われる事件が発生。近くにいたコナン、小五郎、蘭はフード男を捕まえ、美月を助けるが…。この後、現場周辺で美月のルームメイト、陽子の遺体が発見される。コナンは他の被害者たちが財布ごと奪われたのに陽子だけ財布から現金のみ奪われた事に違和感を抱いて…。喫茶ポアロが雑誌の取材を受け、店員の梓と三毛猫の大尉が雑誌に掲載される。すると雑誌を見て自分が大尉の飼い主という人物が現れる。コナンは3人も飼い主が現れたのは大尉が特別な三毛猫だからと気付いていた。そして、本物の飼い主は無事見つかるが…。後日、その飼い主が事件に巻き込まれてしまう…。お笑い芸人のドドンパ六助は所属する天藤芸能社の社長、天藤英樹を殺害したと交番に自首してくる。だが、捜査を進めていくと、供述内容の矛盾が次々と発覚。そして本当の殺害時刻のアリバイも成立し、ドドンパの犯行は不可能とわかる。ドドンパは犯人になろうとした理由を打ち明けるが、コナンはある事が気になって…。コナンたちは奇妙な事件の写真を確認し、上原は12年前に聡子が行方不明になった日の写真に注目。大和警部は赤女事件の現場にいた元警察官から新事実を聞き出す。大和から新事実を聞いたコナンと世良は自分たちの推理が正しいと確信し、薄谷を殺害した犯人とトリックを暴くが…。その時、窓の外から赤女が再び現れて…。